為因應國內智慧財產高階人才，尤其是專利高階人才之需求，並提供在職人士進修機會，本所於2015年奉教育部核准設置「專利研究所碩士在職專班」，並開始招生，主要招收已具有智慧財產相關領域工作經驗之人士，以培養全方位國際專利人才為目標。
專利專業領域可依智慧財產權之創造、保護及運用分為三個階段。創造階段包含專利調查、分析及布局；保護階段包含專利申請及取得；運用階段則包含專利爭訟、授權、價值評估及加值運用。目前實務界專利工作者多半專注於其中一個階段，例如專利審查官及專利事務所專利工程師主要負責保護階段之專利取得；企業專利工程師主要負責創造階段之專利調查；智慧財產管理顧問公司專利工程師則主要從事運用階段之專利價值評估及加值運用。因此，目前實務界培育之專利人才較缺乏全方位專利工作的歷練。
我國企業以全球市場為發展目標，惟國際專利取得仍偏重於美國；相較之下，與我國科技水準相近之南韓，在全球專利布局之廣度與數量均優於我國，因此我國產業界亟需具備國際視野之專利人才。2012年9月，時任國立臺灣大學副校長湯明哲教授接受媒體專訪時亦指出，國際專利戰是知識與創意的競爭，呼籲政府應加速培育專利人才，並鼓勵推動不同專業背景學士後專利教育。
專利研究所碩士在職專班旨在培養智慧財產高階人才，使其具備肩負企業參與國際智慧財產競爭之能力。
專利研究所專任教師涵蓋科技、管理及法律領域，具有豐富之教學、研究及實務工作經驗，並聘請具有二十年以上實務經驗之美國專利律師、法官及企業管理專家等擔任兼任教師，與專任教師共同授課，提供與時俱進之專業知識及案例分析。
課程兼具廣度與深度，採案例研究方式授課。課程包括：產業分析專題研究、智慧財產權管理專題研究、智慧財產權法專題研究、行政訴訟與民事訴訟專題研究、國際智慧財產權爭訟專題研究、專利侵害與無效專題研究、專利檢索分析專題研究、專利檢索分析專題研究（二）、國際智慧財產營運專題研究（一）、國際智慧財產營運專題研究（二）、智慧財產個案專題研究（一）及智慧財產個案專題研究（二）。
碩士在職專班學生得選修日間碩士班課程，平均每學期尚有八門課程可供選修，且無須另繳學分費。
碩士在職專班最低畢業學分為36學分，須修滿至少十二門三學分課程。此外，另開設專利法、專利審查基準與實務、專利說明書研究與實務、社會科學與法學研究方法、美國專利申請實務等先修及進階課程。
十二門課程安排於上下學期各三門，修讀四學期共計36學分，完成論文後，可於兩年內完成學業。課程皆安排於週六或週日上課，有利於遠途學生修讀。
本所在職專班學生來自多元專業領域，現職包括專利師、專利事務所或企業專利工程師、智慧財產局專利審查人員、專利檢索人員、律師、企業法務人員、企業研發工程師、管理師、研究機構研究人員，以及醫師、教師等。
學生背景涵蓋工程學院、電資學院、設計學院、管理學院、生物科技學院、人文學院及醫藥學院等。多元背景的同學能透過跨領域交流與合作，相互學習並建立廣泛的人脈網絡，有助於提升專業能力與職涯發展。
本所與美國、日本及歐洲多家專利律師事務所建立合作關係；本校亦與多所國際知名大學簽訂合作備忘錄。本所學生可參與本所與合作事務所或合作大學共同辦理之研究及教學計畫，拓展國際視野與實務經驗。
本所每年七月辦理德國智慧財產權研習課程，研習期間約兩週，名額不限，歡迎碩士在職專班學生踴躍參加。